12 декабря 1840 г. утверждено новое положение об Оренбургском казачьем войске, по которому кантоны уничтожены и все войско разделено на 2 округа и 10 полков. В Челябинске , в частности, назначено быть 3-му полку, в составе 3-х станиц — Челябинской, Миасской и Петровской. Крестьянские селения (ближайшие к городу) Долгодеревенской вол. обращены в казачьи. Жившие здесь мещане в течении 2-х лет обязаны были переселиться в город или записаться в казаки, что некоторые и сделали в 1842 г. В 1868 г. военные округа переименованы в отделы, при чем Челябинск причислен к 3-му отделу, управление которого находилось в Троицке до революции 1917 года.

У городских сословий купцов и мещан происходили постоянные пререкания с казаками из-за пользования земельными угодьями, а также из-за отказа казаков от несения разных городских повинностей, воинского постоя, и неплатежа акциза за право торговли. В виду всего этого городские обыватели в 1844 г. возбудили ходатайство пред М. В. Д. о выселении всех казаков из города , за городскую черту, на их казачью землю; но это ходатайство было отклонено, за то отклонено и домогательство казаковна право торговли в гор. Челябинске без платежа гильдейских пошлин.